Die Philosophische Fakultät ist neben der Theologie, der Jurisprudenz und der Medizin eine der vier Gründungsfakultäten der Kieler Universität. Als Herzog Christian Albrecht von Schleswig-Holstein-Gottorf im Jahre 1665 die Universität als landesherrschaftliche Gründung ins Leben rief, war die Philosophische Fakultät während der Anfangszeit, in der Nachfolge der mittelalterlichen Artistenfakultät, teilweise noch eine Vorstufe zu den anderen drei Fakultäten: sie vermittelte diejenigen Kenntnisse, die für den Zugang zum wissenschaftlichen Studium von Theologie, Jurisprudenz oder Medizin erforderlich war.

Im Laufe der Zeit wuchs die Fakultät über diese Vorbereitungsfunktion hinaus und gewann zunehmend eigenständigen Rang. Vor allem mit dem Entstehen neuer wissenschaftlicher Disziplinen in der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts beschleunigte sich dieser Verselbständigungsprozess, bis die Philosophische Fakultät, etwa zu Beginn des 19. Jahrhunderts, den drei anderen Fakultäten vollständig ebenbürtig war. Seit Beginn des 20. Jahrhunderts ist sie zahlenmäßig die stärkste Fakultät der Universität.

1913 erfolgte die Abtrennung der Staats- und Wirtschaftswissenschaften sowie deren Vereinigung mit der Jurisprudenz zur Rechts- und Staatswissenschaftlichen Fakultät. 1953 wurde innerhalb der Philosophischen Fakultät eine Geisteswissenschaftliche und eine Naturwissenschaftliche Abteilung gebildet. Zehn Jahre später, zum 1. Oktober 1963, entstand aus der Naturwissenschaftlichen Abteilung die Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät. Im Wintersemester 1969/1970 wurde die Rechts- und Staatswissenschaftliche Fakultät in eine Rechtswissenschaftliche und eine Wirtschafts- und Sozialwissenschaftliche Fakultät geteilt. Die damals herausgelöste und der neuen "WiSo-Fakultät" zugeordnete Politische Wissenschaft war als Magisterstudienfach mit der Philosophischen Fakultät stark verbunden, ebenso wie die Soziologie (sog. "Brückenfächer"). Seit 2006 sind die Politische Wissenschaft und die Soziologie Teil des Instituts für Sozialwissenschaft, das als gemeinsame Einrichtung der Philosophischen und der Wirtschafts-und Sozialwissenschaftlichen Fakultät etabliert wurde.

Zum Wintersemester 2002/2003 wurde die Überführung der geisteswissenschaftlichen Fachdidaktiken aus der aufgelösten Erziehungswissenschaftlichen Fakultät in die Philosophische Fakultät abgeschlossen.